Po 5 latach nie można wydać decyzji o wysokości podatku, nawet gdyby miała ona obniżyć podatek. Tak stwierdził NSA w wyroku z 28 czerwca 2010 r., rozstrzygając wątpliwości czy po okresie 5 lat liczonych od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku organ podatkowy może wszczynać nowe postępowanie lub kontynuować już rozpoczęte. Problem dotyczył tego, czy dopuszczalne jest w każdej chwili wszczęcie, prowadzenie i orzekanie o wysokości zobowiązania podatkowego w VAT, które to zobowiązanie wygasło przez zapłatę.
W rozpatrywanej sprawie organ podatkowy stanął na stanowisku, że zobowiązanie podatkowe przedawnia się z upływem 5 lat, licząc od końca roku kalendarzowego, w którym upłynął termin płatności podatku, ale nie dotyczy to przypadku, gdy doszło do zapłaty podatku przed upływem przedawnienia zobowiązania. Zdaniem organu podatkowego skutkiem zapłaty podatku jest wygaśnięcie zobowiązania. A zatem nie może ono wygasnąć po raz drugi na skutek przedawnienia.
Zdaniem sądu w art. 70 § 1 Ordynacji Podatkowej występuje przesłanka materialna – zobowiązanie podatkowe wygasa wobec przedawnienia. W przypadku upływu terminu przedawnienia organ podatkowy powinien umorzyć postępowanie, nie sugerując się tym, czy wcześniej zobowiązanie zostało zapłacone, czy też do takiej sytuacji nie doszło (nie dotyczy to postępowania, które toczy się z woli podatnika). Sytuacja podatnika, który uregulował zobowiązanie, nie może być bowiem gorsza od sytuacji tego, który nie wypełnił swoich obowiązków (jego podatki po 5 latach się przedawniają).
Z wyroku sądu wynika, że w przypadku zapłaty podatku, nie można – po upływie terminu przedawnienia – wobec podatnika wszczynać postępowania w sprawie określenia wysokości zobowiązania, a już wszczęte należy umorzyć.